Ministerstvo zdravotníctva SR je ústredným orgánom štátnej správy pre zdravotnú starostlivosť, ochranu zdravia, verejné zdravotné poistenie, ďalšie vzdelávanie zdravotníckych pracovníkov, prírodné liečebné kúpele, prírodné liečivé zdroje, prírodné minerálne vody, cenovú politiku v oblasti cien výrobkov, služieb a výkonov v zdravotníctve a v oblasti cien nájmu nebytových priestorov v zdravotníckych zariadeniach, kontrolu zákazu biologických zbraní. V rozsahu svojej pôsobnosti ministerstvo zakladá neziskové organizácie, štátne podniky a akciové spoločnosti a zriaďuje príspevkové organizácie a rozpočtové organizácie.